Mešihat Islamske zajednice osnovan je za područje Sandžaka na Konstituirajućem Saboru 30. oktobra 1993. godine, a na Objediniteljskom Saboru 27. marta 2007. godine preimenovan je u Mešihat Islamske zajednice u Srbiji sa četiri muftijastva.
Mešihat je najviši vjerski i administrativni organ Islamske zajednice. Sastoji se od predsjednika i 14 članova. Predsjednik Mešihata od januara 2014. godine je muftija dr. Mevlud ef. Dudić, koji je ovu funkciju preuzeo od muftije Muamer ef. Zukorlića koji je bio na čelu Mešihata od njegovog osnivanja. Područje djelovanja Mešihata je: organizacija vjerskog života, mearifski poslovi, izgradnja i održavanje objekata Islamske zajednice, saradnja sa islamskim organizacijama i ustanovama u svijetu, administrativno-pravni poslovi, privredno-finansijski poslovi i organizacija i rad organa i ustanova Islamske zajednice u dijaspori.
Sabor je najviši predstavnički i zakonodavni organ Islamske zajednice. Čine ga predstavnici svih medžlisa po muftijstvima i ima 52 člana. Predsjednik Sabora od oktobra 2016. godine je Hajro ef. Tutić. Područje djelovanja Sabora je: donosi Ustav Islamske zajednice i druge opće propise, raspravlja i odlučuje o svim poslovima Islamske zajednice, određuje smjernice za sve organe Islamske zajednice, učestvuje u izboru predsjednika Mešihata u izbornom tijelu, bira i razrješava članove Mešihata, imenuje i razrješava muftije, osniva ustanove i institucije Islamske zajednice i donosi propise o njihovom radu, donosi finansijski plan i odobrava završni račun Mešihata, donosi propise o upravljanju vakufima, razmatra i odobrava izvještaj Mešihata o njegovom radu, imenuje stalne i povremene komisije, imenuje disciplinsko vijeće.