Muftijstva su područne organizacione jedinice Islamske zajednice. Na području Islamske zajednice postoje: Muftijstvo sandžačko za područje Sandžaka sa sjedištem u Novom Pazaru, Muftijstvo preševsko za područje Preševske doline sa sjedištem u Preševu, Muftijstvo beogradsko za područje Centralne Srbije sa sjedištem u Beogradu i Muftijstvo novosadsko za područje Vojvodine sa sjedištem u Novom Sadu. Organi muftijstva su: muftija, Savjet za vjerska pitanja koji čine glavni imami i rukovodioci vjersko-prosvjetnih ustanova i Savjet za administrativna pitanja koji čine predsjednici medžlisa i rukovodioci drugih ustanova i udruženja na području muftijstva.
Medžlisi su organizacione jedinice Islamske zajednice koji obuhvataju, po pravilu, najmanje pet džemata povezanih u cjelinu, sa izuzetkom medžlisa na području Muftijstva beogradsko-novosadskog sa manjim brojem džemata. Organi medžlisa su: Skupština medžlisa koju čine izabrani zastupnici džemata i Odbor medžlisa kao izvršni organ na čelu sa predsjednikom Odbora medžlisa, čiji je član i glavni imam po položaju.
Džemati su osnovne organizacione jedinice Islamske zajednice i čini ih, po pravilu, najmanje 100 muslimanskih domaćinstava koja žive na jednom području, sa izuzetkom medžlisa na području Muftijstva beogradsko-novosadskog sa manjim brojem domaćinstava. Organi džemata su Skupština džemata koju čine članovi tog džemata i Džematski odbor na čelu sa predsjednikom, čiji je član i džematski imam po položaju.